Lesões clínicas: se apresentam como verrugas na região genital e no ânus (denominadas tecnicamente de condilomas acuminados e popularmente conhecidas como "crista de galo", "figueira" ou "cavalo de crista"). Podem ser únicas ou múltiplas, de tamanhos variáveis, achatadas ou papulosas (elevadas e solidas). Em geral, são assintomáticas, mas podem causar coceira no local. Essas verrugas, geralmente, são causadas por tipos de HPV não cancerígenos.
Lesões subclínicas (não visíveis ao olho nu): podem ser encontradas nos mesmos locais das lesões clínicas e não apresentam sinal/sintoma. As lesões subclinas podem ser causadas por tipos de HPV de baixo e de alto risco para desenvolver câncer.
Podem acometer vulva, vagina, colo do útero, região perianal, ânus, pênis (geralmente na glande), bolsa escrotal e/ou região pubiana. Menos frequentemente, podem estar presentes em áreas extragenitais, como conjuntivas, mucosa nasal, oral e laríngea.
Mais raramente, crianças que foram infectadas no momento do parto podem desenvolver lesões verrucosas nas cordas vocais e laringe (Papilomatose Respiratória Recorrente).